古く近江を領していた近江源氏(げんじ)佐々木氏は、鎌倉時代末期に六角(ろっかく)氏・京極氏などに分かれた。本家筋の六角氏は鎌倉時代末期に織田信長に攻められ滅亡したが、京極氏は江戸時代から明治維新に至るまで、転封(てんぽう)を重ねながら大名家としての命脈を保ち続けた。この京極氏が最初に本拠地としたのが清滝で、当寺は初代氏信(うじのぶ)が菩提寺として創建したといわれ、三重塔（県文化財）は1672（寛文(かんぶん)12）年に22代高豊(たかとよ)が造営したものである。

本堂の裏山斜面には京極氏初代氏信を始め、歴代当主の宝篋印塔34基が立ち並び、これらを含めた墓所全域が清瀧寺京極家墓所として国指定史跡となっている。

庫裏より見た庭園